メリット

１：自分の欲しいパソコンが作れる
どこにも無い、目的や用途を限定した最適にカスタマイズされた、自分だけのオリジナルパソコンが作れます。

２：高性能パソコンが比較的安く作れる
激安パソコンの多くは、量産された汎用性の高いパーツ（主にM/B）を使っており、激安パソコン・格安パソコンで紹介しているように、最低価格の物ならば、４万円前後で購入出来ます。
自作パソコンでその価格には対抗できません、１０万円前後で販売されている高性能パソコンを更に安い価格で作成する事は可能です。

３：パソコンのアップグレードが容易である。
通常のメーカーパソコンと比較して、自作パソコンの場合は、自分で組み立てたので、パーツの取り外しも容易でアップグレードも比較的スムースに行えます。メーカーパソコンの場合、ＰＣケースを開ける事すらままならず、ボード交換も四苦八苦と言う物もありますが、自作パソコンではそう言った苦労は殆ど無く、拡張性も高く、全てのパーツを思い通りに替えられますので、速度や容量に不満が出た場合や老朽化した場合は、M/Bを含めて一部の部品を交換すれば済みますので、長期で見れば更に安く上がります。

４：パソコンの知識がついてくる
組み立てからＯＳのインストール、環境設定まで、全て自分でする訳ですので、自然とパソコンのハード、ソフトに対する知識がついてきます。そう言った知識があれば自分でメンテナンスもできますので、メーカーサポートや出張修理などを頼まなくても、ちょっとした故障ならば、無料で比較的手軽に直せるようになります。

デメリット

１：自己責任
自作パソコンの組み立て途中で部品を破損させたり、購入したパーツとの相性が悪く動作しなかったりしたなど、自分の責任によって動作しない場合の多くは、外箱などを開封した場合は、部品を交換してくれる事は滅多にありません。
購入前にそのパーツの特性や相性などを良く調べておく事が重要です。

２：保証が無い
通常、１週間程度の初期不良の場合を除き、一度動作した後に、製品不良で即交換してくれる場合は、拡張ボード類や周辺機器を除き、比較的少なくなります。
正常に動作していたのに、突然破損した場合、その原因の特定が難しい場合は、利用者自身の責任になります。何故なら各部品は工場出荷時に検品をし不良品を省いているからです。一部では無償で修理してくれる場合もありますが、交換での対応は殆どありません。
多くのネットショップでは利用規約などのような物があり、パーツの相性保証などをきちんとしてくれる所もありますので、購入前によく読まれる事をお勧めします。

３：全ての設定は自分でする
自作パソコンは組み立てだけで無く、ＯＳや各パーツや周辺機器のドライバ、アプリケーションのインストールや環境設定なども自分でする必要があります。
自作パソコンは簡単と良く言われますが、組み立ては慣れれば簡単で、確かに”プラモデル感覚”で、１時間もあれば十分組み立てられます。但し、添付マニュアルが英語であったり、ドライバのインストールなどが面倒な手順を必要とする物もあります。各パーツのメーカーサイトも英文でウェブ無料翻訳など利用して調べたり、既にそのパーツのＦＡＱのページも無くなってる場合もありますので、注意が必要です。
中には、購入したパソコンショップが（有償で）対応したり、メンテナンスを格安でやってくれるパソコン関連業者もいますので、本当に困った場合は利用される事をお勧めします。

４：色々なソフト込みで考えると高くつく
特価品のパーツばかりで組み立てる場合など以外は、最初から高くつくと思いますが、オフィスなどのマイクロソフト製品や各種ソフトなどを必要としているならば、ソフトを別々に購入するよりも、全て一式揃ったメーカー製パソコンを最初から買ったほうが安く上がります。